D.Gray-man bercerita tentang dimana pada masa itu ada “Exorcist” dan “Akuma” yang merajalela di mana-mana dan meresakan para masyarakat . Ceritanya sendiri mengambil sebuah latar Eropa pada akhir-akhir abad ke-19 (tahun 1891) . Tugas Exorcist adalah membasmi Akuma yang diciptakan “Earl of Milennium” yang merupakan dari kesedihan umat manusia . Tokoh utama di anime ini adalah pemuda berusia 15 tahun bernama Allen Walker yang sedang menuju Markas Besar “Black Order” dimana tempat itu adalah pusat dari markas exorcist . Setelah masuk Black Order , Allen menjumpai banyak kawan dan lawan yang harus dihadapi , seperti Klan Noah dan juga merupakan salah satu Earl of Milennium .
